BioPerl

Большинство биоинформатиков используют Perl как основной язык программирования - это факт. Однако далеко не все (по моему опыту) применяют также самый главный плюс Perl для биоинформатики - BioPerl.

Sorry, still under construction

Если есть какие-либо вопросы по BioPerl - давайте в комментариях попробуем разобраться вместе. Хотя должен предупредить что не являюсь экспертом по всей необъятной функциональности этого пакета.

Пока же в качестве бонуса пока выкладываю справку по BioPerl 1.5.2. Иногда удобнее пользоваться офф-лайн версией справки, поэтому такой файл может пригодится.

 Скачать bioperl-1.5.2-doc.tar.gz
Заголовок: bioperl-1.5.2-doc.tar.gz (Details)
Тип файла: gz
Размер: 3.7 MB
Скачиваний: 229

Комментарии   

 
0 #5 Student 25.05.2011 09:32
Кажется, понятно. Спасибо!
Цитировать
 
 
0 #4 Admin 24.05.2011 11:10
Если есть набор файлов GenBank, то проще всего, наверное,искать требуемый ID гена в каждом файле в отдельности

use Bio::SeqIO;

$inseq = Bio::SeqIO->new (-file => "test.gbk");
$seq = $inseq->next_seq;

for $feat_object($s eq->get_SeqFeat ures){
if ($feat_object-> primary_tag eq "gene") {

ищем, встречается ли текущий ID в массиве интересующих нас ID

если да, то выводим его сиквенс

}
}

Если нужно подробнее, напишите мне на
Цитировать
 
 
0 #3 Student 21.05.2011 14:21
Здравствуйте!
Подскажите, пожалуйста:
Если есть список ID генов ("A2LG", "NPIP", "AFF1"..)
Как с помощью BioPerl можно "вырезать" для них CDS из файлов GenBank?
Цитировать
 
 
-1 #2 Admin 09.03.2011 17:25
Честно говоря, не сталкивался с такой задачей. Попробуйте посмотреть тут - https://github.com/bioperl/bioperl-live/blob/master/scripts/taxa/local_taxonomydb_query.PLS а также модуль Bio::DB::Taxono my
Цитировать
 
 
0 #1 Boris 05.03.2011 20:58
Как с помощью био перл можно получить список всех видов на ncbi
Спасибо
Цитировать
 

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить