Обновлено 06.05.2010 Автор: Administrator
Короткие мысли и советы о рутинных задачах биоинформатики/программирования, которые мне показались интересными. Часть приобретена на собственном опыте, часть позаимствованна из других источников. Будет здорово если кто-то поделится и своими идеями/замечаниями по этому поводу...
...
Для программного генерирования простой графики всегда предпочтительнее использовать формат png вместо jpeg. При этом и обычно и размер файлов меньше, и качество намного лучше, т.к. в формате png (в отличие от jpeg) применяется сжатие без потерь.Напомню что png - это усовершенствованный gif. Пакет R, например, прекрасно сохраняет в png при помощи одноименной функции.
Впрочем, альтернативой может являться использование векторной графики, например в формате SVG. Используя пакет для R под названием RSvgDevice и бесплатный редактор Inkscape , можно создавать иллюстрации, уже сразу пригодные для последующей вставки в статью без головных болей на тему необходимого dpi.
...
При запуске долгой вычислительной процедуры надо сохранять как можно больше информации о всех параметрах расчета. Обычно лучше всего записывать это в в самом-начале лог-файла. При этом очень желательно:
...
При выполнении множества несложных однотипных задач временные затраты операционной системы на собственно запуск программы могут быть большими чем сам расчет, выполняемый программой. Например, если делать blast набора сиквенсов всех-против-всех как n*(n-1)/2 запусков blastall.exe, то это окажется на порядки дольше чем запуск blast с одним большим FASTA-файлом и в качестве database и в качестве query.
...
Занятия биоинформатикой требуют немалой доли самодисциплины - по крайней мере для меня :) . Во-первых все время есть опасность отвлечения на почту, аську и социальные сети. О некоторых способах как с этим бороться - см. заметку про плагины к Firefox. С другой стороны - нужно все время не упускать из виду главную цель, поставленную проблему. Всегда есть опасность отвлечься на самообучение или изучение чего-то нового, что не имеет прямого отношения к решаемой задаче. Например, всегда интересно осваивать новые языки программирования, IDE и т.д. Но к цели это не приблизит. Возможно это некорректно, но старайтесь постоянно напоминать себе, что если не делаете того, что способствует написанию статей - вы теряете свое время.
...
Есть еще один хороший совет при работе за компьютером - делать перерывы, по крайней мере каждый час. Польза при этом достигается двойная: во-первых, ваши глаза скажут вам спасибо, а во-вторых, оторвавшись на 5 минут от клавиатуры во время перерыва часто можно увидеть более легкий путь решения проблемы. Для постоянного контроля за необходимостью перерывов удобно использовать специальные программы - например, бесплатную и функциональную Eyes Relax (http://themech.net/eyesrelax/ )
...
Если запущена большая вычислительная задача, то чтобы не чувствовать замедления машины при продолжении интерактивной работы удобно понизить приоритет воспользовавшись Task Manager в Windows. В контекстном меню на вкладке Процессы поставьте приоритет "Низкий". При этом скорость расчетов замедлится незначительно, зато машина станет намного быстрее отзываться на команды.
...
Также рекомендую познакомится с заметкой, посвященной самоорганизации работы .
| < Предыдущая | Следующая > |
|---|
