Обсуждение хороших книг по биоинформатике.
Биоинформатика - это мультидисциплинарная область деятельности, но большинство книг можно отнести либо к категории "про математику", либо к категории "про биологию". Существуют также книги, которые пытаясь объять необъятное, содержат как биологические так и математические разделы. Есть также книги - сборники рецептов и руководств по специализированному программному обеспечению.
В этом посте опишу книжки, которые на мой взгляд заслуживают прочтения в первую очередь.
Математика
На мой взгляд, оптимальным вариантом для изучения с нуля алгоритмов биоинформатики (и не только) будет тщательное прочтение книги "Introduction to bioinformatics algorithms" Jones & Pevzner).
Для тех кто хочет сразу видеть готовый код для решения типовых задач биоинформатики советую посмотреть книгу Rex A. Dwyer, 2002 под названием Genomic Perl, From Bioinformatics Basics to Working Code. Хотя вообще книжка довольно тяжелая - читать нужно медленно и вдумчиво.
Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and BioConductor - можно порекомендовать поклонникам R. Книга ориентирована скорее на аспекты применения конкретных пакетов, чем на понимание, но иногда это именно то, что требуется. Основной упор в книге сделан на обработку данных microarray, также рассматривается анализ масс-спектров, работа с графами, запросы к GO и KEGG. Разделы о распознавании образов IMHO изложены неудачно.
Биология
В первую очередь хочу порекомендовать "Foundations of comparative genomics", написанную А.Р.Мушегяном.
Если кому интересно - выкладываю свой конспект этой замечательной книги.
Неплохим введением в биоинформатику для протеомики может служить книга "Ten Most Wanted Solutions in Protein Bioinformatics".
Сборник рецептов - на какую кнопочку нужно нажать для поиска с помощью BLAST и что будет на выходе - "Биоинформатика для чайников". Несмотря на то, что второе издание вышло в 2007 году, некоторые вещи уже устарели - интерфейсы веб-сервисов меняются достаточно быстро. Хотя в качестве быстрого старта - вполне подходит.
В качестве большой сборной солянки можно порекомендовать достаточно новую книгу под редакцией Lengauer et al (2007) - Bioinformatics - From Genome to Therapies - 1780 страниц почти про все на свете.
Если хочется побольше реальной жизни в виде приложений различных "-омных" технологий для медицины - можно полистать (точнее, поскролить) Encyclopedia of Medical Genomics and Proteomics.
Если выбирать из вышеперечисленного, то на мой взгляд наилучшим решением будет изучение "Introduction to bioinformatics algorithms" (Jones & Pevzner) как книги про математику + чтение "Foundations of comparative genomics" (Mushegian) как введение в сравнительную геномику. При этом получается наиболее доступное введение в биоинформатику "с нуля", охватывающее широкий круг типовых вопросов.
Будет здорово, если вы поделитесь своими рекомендациями по поводу биоинфо-литературы в комментариях.
И еще одна картинка, просто для пропаганды:
PS. К вопросу "где же это все скачать?". Все перечисленные книги есть в Сети, попробуйте поискать. Например, на этом сайте поддерживается каталог ссылок на электронные библиотеки. По понятным причинам совсем не хочется превращать сайт в подраздел либрусека и выкладывать книги мегабайтами в открытый доступ. Но если вы мне напишете письмо на
Этот e-mail адрес защищен от спам-ботов, для его просмотра у Вас должен быть включен Javascript
или оставите запрос в комментариях - с удовольствием поделюсь литературой.
