Обновлено 30.11.2010
Автор: Даниил Геннадиевич Наумов
В настоящее время известны аминокислотные последовательности нескольких десятков миллионов белков. Их домены представляют, по меньшей мере, 80 тысяч различных семейств. Большинство из этих белков не были и никогда не будут исследованы экспериментально. Это заставляет нас аннотировать белки на основании анализа аминокислотных последовательностей. Наиболее мощным путём для этого является экстраполяция доступных экспериментальных данных об отдельных белках на их гомологи (например, в пределах семейств).
Формат PDF, 2.7 Мб.
В докладе рассказывается о белковых базах данных, поиске гомологичных белков, доменной структуре, множественном выравнивании, реконструкции филогенетических деревьев, иерархической классификации белков и т.д. Представлена полная процедура анализа семейства белков от поиска его представителей в базе данных до визуализации филогенетического древа. Такой анализ может быть начат с любого белка, используемого в качестве запроса. Предлагаемые методы и компьютерные программы применимы в отношении любого семейства белков (белковых доменов), однако наиболее эффективно они будут работать с глобулярными растворимыми белками.
