Биоинформатический анализ семейства белков-гомологов

В настоящее время известны аминокислотные последовательности нескольких десятков миллионов белков. Их домены представляют, по меньшей мере, 80 тысяч различных семейств. Большинство из этих белков не были и никогда не будут исследованы экспериментально. Это заставляет нас аннотировать белки на основании анализа аминокислотных последовательностей. Наиболее мощным путём для этого является экстраполяция доступных экспериментальных данных об отдельных белках на их гомологи (например, в пределах семейств).

Формат PDF, 2.7 Мб.

В докладе рассказывается о белковых базах данных, поиске гомологичных белков, доменной структуре, множественном выравнивании, реконструкции филогенетических деревьев, иерархической классификации белков и т.д. Представлена полная процедура анализа семейства белков от поиска его представителей в базе данных до визуализации филогенетического древа. Такой анализ может быть начат с любого белка, используемого в качестве запроса. Предлагаемые методы и компьютерные программы применимы в отношении любого семейства белков (белковых доменов), однако наиболее эффективно они будут работать с глобулярными растворимыми белками.



© Даниил Геннадиевич Наумов, Институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов.

Желающие могут ознакомиться со статьёй и презентацией (PPT) автора по этой тематике.

Для просмотра необходим установленный Adobe Acrobat Reader (желательно не младше 7 версии).

Комментарии   

 
0 #2 Сергей 17.04.2016 01:58
Спасибо за презентацию, очень содержательная и отличная.
Цитировать
 
 
0 #1 Сергей 17.04.2016 01:57
Искал информацию про методы выравнивания, наткнулся на этот отличный сайт и презентацию. Спасибо, почерпал много нового из нее.
Цитировать
 

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить