А.Леск, Введение в биоинформатику

Краткий обзор книги А.Леска "Введение в биоинформатику".




А. Леск - Введение в биоинформатику

Книг по биоинформатике на русском языке очень мало, особенно если сравнить с англоязычной литературой. Собственно мне известны всего 4 книги (хорошо бы сделать обзор остальных).   Поэтому для человека занимающегося биоинформатикой в России вопрос покупать/не покупать решается однозначно - покупать, т.к. другого почти не дано.

Книга Артура Леска "Введение в биоинформатику" опубликована издательством Бином в 2009 году, перевод с английского под редакцией А.А.Миронова и В.К.Швядаса. Оригинал - Introduction to Bioinformatics - был впервые издан в 2002 году, и с тех пор дважды переиздавался, причем последний раз в 2008 году. Учебник Леска весьма популярен, его нетрудно найти в сети в электронном виде, особенно первое издание.

Для русского издания был выбран оригинал 2002 года, что несколько странно для такой бурно развивающейся области как биоинформатика. Возможно это связано с тонкостями соглашения с Oxford University Press. В тоже время необходимо отдать должное редакторам - по возможности более свежие цифры приведены в примечаниях.

Книга состоит из 5 глав. Первая глава является в некотором роде увертюрой - в ней содержится краткий пересказ того, что будет обсуждаться в следующих главах. Глава 2 посвящена геномике и организации генома. Сперва вкратце затрагивается тема медицинской геномики, затем характеризуются геномы модельных организмов. Также обсуждается проблема минимального генома, рассказвается про феномен горизонтального переноса. В главе 3 приводятся сведения о работе с наиболее используемыми биологическими базами данных  - SwissProt, PDB, системе Entrez и т.д. 

Каждая глава сопровождается упражнениями и задачами, причем для решения многих из них требуется доступ в Web. Задания подобраны интересные и разнообразные, дающие хорошее представление о различныз аспектах биоинформатики.

Без навыков написания простых скриптов биоинформатику обойтись трудно. Поэтому А.Леск рекомендует начать с изучения Perl, а в книге даются примеры скриптов на этом языке.  На мой взгляд, совет изучать Perl в качестве первого языка программирования - достаточно спорный выбор. Неподготовленного читателя абракадабра закорючек $,%,@ и регулярных выражений скорее оттолкнет от этого, а построчное комментирование тоже не улучшает ситуации. Поэтому примеры скриптов в книге относительно бесполезны - научиться писать на Perl по ним нельзя (не зря в книге рекомендуется пропустить это место при первом чтении), а получить ошибочное впечатление о чрезмерной сложности программирования - можно.

Теперь о технической стороне дела. Книга издана в твердой обложке, присутствуют цветные вкладки, весьма интересна идея рисовать структуры белков черно-белыми стереоизображениями. Но есть и огромный недостаток, который тем более удивителен для книги такого направления - для выравниваний не используется моноширинный шрифт! Соответственно, все последовательности оказываются сдвинутыми относительно друг друга. Я потратил некоторое время, пытаясь понять, почему в выравниваниях совершенно различные аминокислоты отмечены как идентичные. Для наивного читателя - студента, на которого в первую очередь ориентирована книга - это может стать настоящим шоу-стоппером. Непростительный промах со стороны издательства.

Качество перевода вполне приличное, несмотря на отдельные огрехи и дословные кальки с английского ("интеллектуальный вызов"), большая часть книги читается  легко.

Комментарии   

 
+2 #5 Majid 21.04.2012 22:44
Мдаааа перевод ужасный, и ошибок очень много.
Спасибо и на этом )))
Цитировать
 
 
0 #4 Коя 03.03.2012 11:56
Xoroshaya kniga
Цитировать
 
 
+3 #3 Данил Анненков 13.02.2012 17:55
ИМХО книга не очень подходит для программистов. Много терминов из биологии, которые не вводятся постепенно, а внезапно начинают проявляться в больших количествах.
Вот для программистов хорошо должна подойти Introduction to bioinformatics algorithms.
Мне такой стиль изложения больше по душе.
Цитировать
 
 
+3 #2 Сергей Голенченко 14.01.2012 06:27
Не знаю, как можно рекомендовать студентам книгу с таким переводом. Редакторам перевода надо руки пообрывать. Не правильное использование терминов (например, делеции названы то "пропусками", то "удалениями", вместо локального и глобального выравнивания встречается, соответственно "глобальное и локальное совпадение"). Некоторые предложения пропитаны психоделикой ПРОМТа (Мне понравилось, например, следующее: "Сходство - это наличие или измерение сходства , независимо от источника сходства." с.44). Иногда перевод настолько кривой, что не имея оригинала не возможно понять смысл написанного.
Цитировать
 
 
0 #1 гюльнар 08.04.2011 14:46
хорошая книга
Цитировать
 

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить