Определение абсолютных концентраций белков методами протеомного анализа

 

Определение абсолютных концентраций белков методами протеомного анализа

 

В.Г. Згода

 

Институт биомедицинской химии РАМН

  лаб. системной биологии

 

Почему масс-спектрометрию (ESI) не считают количественной?

 

        Интенсивность MS ответа – определяется способностью соединения к ионизации (индивидуальна для каждого соединения)

        Нестабильность ионизации – зависимость от растворителей, положения источника распыления и т.д.

        Супрессия ионизации – зависимость MS ответа от окружающих компонент.

 

 

 

 

Выход

 

        Проведение калибровки

        Использование внутреннего стандарта для нормализации (учесть супресию и нестабильность ионизации)

        Лучший внутренний стандарт - тоже самое соединение, полученное с использованием изотопных атомов (С13, N15 )

 

 

Как получить стандарт?

 

Синтезировать

AQUA - Absolute quantification of proteins and phosphoproteins from cell lysates by tandem MS, Scott A. et al, PNAS, 2003 vol. 100 no. 12 6940–6945



 

 

 

Экспрессировать полноразмерный белок с включением «тяжелых» аминокислот

 

Alain Dupuis et al, Protein Standard Absolute Quantification (PSAQ) or improved investigation of staphylococcalfood poisoning outbreaks Proteomics 2008, 8, 4633–4636

 

 

 

Создание синтетического гена для экспрессии

 

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить