Автор: Administrator
Московский семинар по биоинформатике
Пятница, 12 октября 2012, 18.00
МГУ, Лаб. корпус Б (факультет биоинженерии и биоинформатики), к. 221.
Ольга Калинина
Институт информатики Общества Макса Планка, Саарбрюккен Германия и ИППИ РАН, Москва
Биоинформатика последовательностей и структур вируса иммунодефицита человека
Olga V. Kalinina
Max Planck Institute for Informatics, Saarbrucken, Germany & IITP
Sequence and structure approaches in bioinformatics of HIV
Human immunodeficiency virus causes AIDS, and hence presents a major health hazard worldwide. Genotyping of HIV positive patients has become a common practice in many countries. Statistical analysis of the collected data allows for successful prediction of most effective treatment to avoid the acquired drug resistance mutations and take into account virus tropism to co-receptor, but the structural and mechanistic basis remains unknown. Thus HIV presents a challenging target for combining sequence-driven and structure-driven bioinformatics approaches to gain new functional insights. Several case studies involving HIV capsid, envelope and protease proteins will be discussed.
Вторичная структура и процессинг пре-мРНК: исследование методами сравнительной геномики
Задача предсказания вторичной структуры РНК по нуклеотидной последовательности появилась на заре биоинформатики в 70-е годы и стала очень популярна благодаря тому, что в ней содержится увлекательная комбинаторная часть - поиск обращенных палиндромов. Для коротких структурированных последовательностей она хорошо решается методом динамического программирования. Существует также другая группа методов, основаная на сравнении родственных последовательностей. Одновременное выравнивание последовательностей РНК и предсказание их вторичной структуры может быть решено динамическим программированием за время O(n^6), но даже в максимально упрощеном виде алгоритм остается слишком сложным для полногеномных исследований. Однако основная проблема заключается не в степени алгоритма, а в том, что с увеличением n он начинает работать неправильно из-за запрета на псевдоузлы. В докладе будет представлен новый, основанный на комбинаторных трюках, метод нахождения консервативных комплементарных участков РНК, не имеющий запрета на псевдоузлы. Также будет рассказано о консервативных структурах РНК, предположительно участвующих в регуляции событий альтернативного сплайсинга и альтернативного полиаденилирования у млекопитающих, дрозофил, и нематод. В большинстве случаев эти структуры отличаются от классических шпилечных структур именно длиной петли - она может достигать нескольких килобаз. Также будет рассказано о предсказании межмолекулярных РНК-РНК взаимодействий и о том, какие результаты дают эти предсказания для классов длинных некодирующих РНК и белок-кодирующих РНК.
| < Предыдущая | Следующая > |
|---|
