Московский семинар по биоинформатике - 18 февраля 2016

Четверг, 18 февраля 2016, 18.00
МГУ, Лаб. корпус Б (факультет биоинженерии и биоинформатики), к. 221.


Сергей Козырев
Математический институт им. Стеклова, Москва


Модель фрагментов белков и статистические потенциалы

Рассматривается модель конформаций белков, в которой конформации белков являются комбинациями конформаций коротких фрагментов белка. Для таких фрагментов мы рассматриваем распределение частоты встречаемости пар (последовательность аминокислот, конформация), усреднённое по некоторым шарам в пространствах последовательностей и конформаций.

Далее, мы рассматриваем модель статистических потенциалов для конформаций фрагментов белка, в которой статистические потенциалы описывают рассмотренные усреднённые частоты встречаемости, и обсуждаем модель свободной энергии для белка, в которой свободная энергия равна сумме статистических потенциалов фрагментов. В данной модели также рассматриваем вклады в энергию конформации от контактов фрагментов, а также от статистических потенциалов иерархического набора фрагментов белка, строящегося по распределению частот встречаемости коротких фрагментов.

Обсуждается применение такой модели к восстановлению нативной конформации белка по его первичной структуре. Обсуждается модификация структурного выравнивания, учитывающая статистические потенциалы для фрагментов.

http://arxiv.org/abs/1504.03940

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить