Oligoseeker и JSeqTool

Oligoseeker - поиск произвольного паттерна в последовательности нуклеотидов. Программа способна также искать гены гРНК.

JSeqTool - работа с последовательностями из буфера обмена (комплемент, реверс, удаление не-FASTA символов).


Oligoseeker

Задавать паттерн можно, используя принятые обозначения для вырожденных нуклеотидов (B,H,D,Y,W,K...) помимо стандартных A,G,T,C. X обозначает любой нуклеотид. Например, программа может искать "AGXXGCT" или "GCGCWWK". Предусмотрен поиск по прямой и обратной комплементарной цепям (то есть, по полной молекуле), а также поиск перевернутого (reversed)  запроса (то есть, не только "AGXXGCT", но и сразу же "TCGXXGA"). Такая процедура удобна при поиске и картировании повторов, поиске гРНК.

Версия 1.0 включает наборы из двух правил поиска: для стандартного паттерна и для поиска генов предполагаемых гРНК.



Дополнительная информация на сайте разработчика - http://www.jalgard.narod.ru/oligoseeker/


 Скачать oligoseeker.zip
Заголовок: oligoseeker.zip (Details)
Тип файла: zip
Размер: 330.7 KB
Скачиваний: 293


JSeqTool

 JSeqTool - простая утилита для работы с последовательностями ДНК\РНК. Позволяет легко и быстро получить комплементарную цепь, обратить направление цепи (ревертировать), получить обратную комплементарную цепь, быстро удалить из последовательности не-FASTA символы. Благодаря работе с буфером обмена совместима с любыми приложениями.

Операции с последовательностью в буфере обмена:

  • Реверсия, Ctrl+1
  • Комплементарная цепь, Ctrl+2
  • Обратная комплементарная цепь, Ctrl+3
  • Удалить из последовательности пробелы, цифры и т.д., Ctrl+4
  • Преобразовать в верхний регистр, Ctrl+5
  • Преобразовать ДНК в РНК, Ctrl+6


Дополнительная информация на сайте разработчика - http://www.jalgard.narod.ru/jseqtool/

 Скачать jseqtool.zip
Заголовок: jseqtool.zip (Details)
Тип файла: zip
Размер: 403.7 KB
Скачиваний: 225
 


Добавить комментарий


Защитный код
Обновить