Обновлено 15.10.2012 Автор: Administrator
Oligoseeker - поиск произвольного паттерна в последовательности нуклеотидов. Программа способна также искать гены гРНК.
JSeqTool - работа с последовательностями из буфера обмена (комплемент, реверс, удаление не-FASTA символов).
Задавать паттерн можно, используя принятые обозначения для вырожденных нуклеотидов (B,H,D,Y,W,K...) помимо стандартных A,G,T,C. X обозначает любой нуклеотид. Например, программа может искать "AGXXGCT" или "GCGCWWK". Предусмотрен поиск по прямой и обратной комплементарной цепям (то есть, по полной молекуле), а также поиск перевернутого (reversed) запроса (то есть, не только "AGXXGCT", но и сразу же "TCGXXGA"). Такая процедура удобна при поиске и картировании повторов, поиске гРНК.
Версия 1.0 включает наборы из двух правил поиска: для стандартного паттерна и для поиска генов предполагаемых гРНК.
Дополнительная информация на сайте разработчика - http://www.jalgard.narod.ru/oligoseeker/
JSeqTool - простая утилита для работы с последовательностями ДНК\РНК. Позволяет легко и быстро получить комплементарную цепь, обратить направление цепи (ревертировать), получить обратную комплементарную цепь, быстро удалить из последовательности не-FASTA символы. Благодаря работе с буфером обмена совместима с любыми приложениями.
Операции с последовательностью в буфере обмена:
Дополнительная информация на сайте разработчика - http://www.jalgard.narod.ru/jseqtool/
< Предыдущая | Следующая > |
---|