Московский семинар по биоинформатике - 24 марта 2011

А.Фаворов
(Университет Джона Хопкинса и ГосНИИГенетика)

GenometriCorr: Геометрическая корреляция или независимость геномных интервальных аннотаций

Четверг, 24 марта 2011, 17.00 (NB!)

Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН. Ул. Вавилова 32, 3 этаж, конференц-зал.


Интервальные аннотации, или разметки, - это множества интервалов на хромосомах, например, все гены. Независимость или корреляция двух разметок позволяет косвенно судить о степени взаимосвязи того, что эти разметки представляют (тривиальный пример: гены и CpG острова).
При всей интуитивности понятия соседства, выбор статистики, характеризующей склонность интервалов одной разметки появляться вблизи от интервалов другой, не всегда очевиден. Мы придумали некую коллекцию (естественно, на полноту она не претендует) возможных статистик и собрали их в пакет (package) GenometriCorr для языка R.
В процессе семинара предполагается представить эту коллекцию и рассказать про изготовление пакета.

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить