Программы

Краткое описание софта, полезного для биоинформатиков и не только им.

Codelobster PHP Edition - Бесплатный PHP, HTML, CSS, JavaScript редактор

Для полноценной работы по созданию сайтов вам обязательно необходим хороший удобный редактор. Есть очень много платных продуктов для этого, но нам бы хотелось выделить бесплатный очень функциональный и в то же время простой в использовании редактор - Codelobster PHP Edition .

Бесплатный PHP, HTML, CSS, JavaScript редактор - Codelobster PHP Edition

    Давайте рассмотрим некоторые важные возможности и преимущества этой программы:

  • Весь код подсвечивается разными цветами в зависимости от типа, причем поддерживается также смешанный код, когда участок HTML будет подсвечен как HTML, PHP как PHP, а JavaScript как JavaScript в одном и том же файле. Существуют возможность выбора из нескольких цветовых схем, включая популярные IDE.
  • Мощное автодополенения для HTML, PHP, CSS и JavaScript, включая HTML5 и CSS3. Для PHP полностью распознается структура проекта, а выпадает полный список методов в соответствующих местах.
  • HTML/CSS инспектор по типу FireBug, который позволяет легко сопоставлять выделенные элементы страницы с кодом и соответствующим стилем.
  • Контекстная помощь по всем поддерживаемым языкам. По нажатию клавиши F1 происходит открытия страницы с полный описанием текущего тега, аттрибута, функции и т.д. с соответсвующих официальных сайтов.
  • PHP дебаггер. PHP дебаггер позволяет пошагово выполнять PHP скрипты, отслеживая значения всех переменных в каждой строчке.
  • SQL менеджер позволяет производить все необходимые действия с базой данных - добавлять, удалять, редактировать структуру и записи в таблицах, экспортировать данные, выполнять SQL запросы. Для SQL файлов работает подсветка и автодопленние.
  • Поддержка FTP позволяет работать напрямую с удаленным сервером и делать все необходимые изменения. с предварительным просмотром результата;
  • Опция портабле позволяет использовать редактор без предварительной установки.
  • Остальные полезные фичи: парная подсветка, возможность выделения блоков, коллапсинг, тултипы, навигация на описания функций и подключаемые файлы при удержании клавиши CTRL, просмотр структуры файла и проекта, превью в броузере, закладки, и все остальные стандартные возможности для работы с кодом.

Также существуют специальные плагины для работы с

  • CMS: Drupal, Joomla
  • PHP фреймворками: CakePHP, CodeIgniter, Symfony, Yii
  • Движком для блогов WordPress
  • JavaScript библиотекой JQuery
  • Шаблонизатором Smarty


 

Oligoseeker и JSeqTool

Обновлено 15.10.2012 Автор: Administrator

Oligoseeker - поиск произвольного паттерна в последовательности нуклеотидов. Программа способна также искать гены гРНК.

JSeqTool - работа с последовательностями из буфера обмена (комплемент, реверс, удаление не-FASTA символов).

 

Open Perl IDE

Обновлено 15.10.2012 Автор: Administrator

Бесплатная IDE для Perl с возможностью отладки.

   

OpenCV - обработка изображений на С++

Обновлено 16.12.2010 Автор: Administrator

В биоинформатике иногда приходится сталкиваться с задачами по анализу и обработке изображений (электрофорез, microarray, FISH и т.д.). Во избежание изобретений велосипедов  удобно пользоваться OpenCV (Open Computer Vision Library) - открытой кросс-платформенной библиотекой для обработки изображений на C/С++.  Функционал на порядки превосходит Matlab Image Processing toolbox (более 500 алгоритмов computer vision). Про сравнение с ImageJ не знаю, но кажется что здесь тоже все намного серьезнее. Библиотека удачно спроектирована, есть подробная документация, пользоваться весьма удобно, рекомендую.
 

mMass - Open Source для масс-спектрометрии

Автор: Administrator

mMass (http://mmass.biographics.cz/ ) - открытый многоплатформенный инструмент для анализа и просмотра масс-спектров.
   

Страница 1 из 2