Программы

Краткое описание софта, полезного для биоинформатиков и не только им.

Codelobster PHP Edition - Бесплатный PHP, HTML, CSS, JavaScript редактор

Автор: clod

Для полноценной работы по созданию сайтов вам обязательно необходим хороший удобный редактор. Есть очень много платных продуктов для этого, но нам бы хотелось выделить бесплатный очень функциональный и в то же время простой в использовании редактор - Codelobster PHP Edition .

Бесплатный PHP, HTML, CSS, JavaScript редактор - Codelobster PHP Edition

    Давайте рассмотрим некоторые важные возможности и преимущества этой программы:

  • Весь код подсвечивается разными цветами в зависимости от типа, причем поддерживается также смешанный код, когда участок HTML будет подсвечен как HTML, PHP как PHP, а JavaScript как JavaScript в одном и том же файле. Существуют возможность выбора из нескольких цветовых схем, включая популярные IDE.
  • Мощное автодополенения для HTML, PHP, CSS и JavaScript, включая HTML5 и CSS3. Для PHP полностью распознается структура проекта, а выпадает полный список методов в соответствующих местах.
  • HTML/CSS инспектор по типу FireBug, который позволяет легко сопоставлять выделенные элементы страницы с кодом и соответствующим стилем.
  • Контекстная помощь по всем поддерживаемым языкам. По нажатию клавиши F1 происходит открытия страницы с полный описанием текущего тега, аттрибута, функции и т.д. с соответсвующих официальных сайтов.
  • PHP дебаггер. PHP дебаггер позволяет пошагово выполнять PHP скрипты, отслеживая значения всех переменных в каждой строчке.
  • SQL менеджер позволяет производить все необходимые действия с базой данных - добавлять, удалять, редактировать структуру и записи в таблицах, экспортировать данные, выполнять SQL запросы. Для SQL файлов работает подсветка и автодопленние.
  • Поддержка FTP позволяет работать напрямую с удаленным сервером и делать все необходимые изменения. с предварительным просмотром результата;
  • Опция портабле позволяет использовать редактор без предварительной установки.
  • Остальные полезные фичи: парная подсветка, возможность выделения блоков, коллапсинг, тултипы, навигация на описания функций и подключаемые файлы при удержании клавиши CTRL, просмотр структуры файла и проекта, превью в броузере, закладки, и все остальные стандартные возможности для работы с кодом.

Также существуют специальные плагины для работы с

  • CMS: Drupal, Joomla
  • PHP фреймворками: CakePHP, CodeIgniter, Symfony, Yii
  • Движком для блогов WordPress
  • JavaScript библиотекой JQuery
  • Шаблонизатором Smarty


 

Oligoseeker и JSeqTool

Обновлено 15.10.2012 Автор: Administrator

Oligoseeker - поиск произвольного паттерна в последовательности нуклеотидов. Программа способна также искать гены гРНК.

JSeqTool - работа с последовательностями из буфера обмена (комплемент, реверс, удаление не-FASTA символов).

 

Open Perl IDE

Обновлено 15.10.2012 Автор: Administrator

Бесплатная IDE для Perl с возможностью отладки.

   

OpenCV - обработка изображений на С++

Обновлено 16.12.2010 Автор: Administrator

В биоинформатике иногда приходится сталкиваться с задачами по анализу и обработке изображений (электрофорез, microarray, FISH и т.д.). Во избежание изобретений велосипедов  удобно пользоваться OpenCV (Open Computer Vision Library) - открытой кросс-платформенной библиотекой для обработки изображений на C/С++.  Функционал на порядки превосходит Matlab Image Processing toolbox (более 500 алгоритмов computer vision). Про сравнение с ImageJ не знаю, но кажется что здесь тоже все намного серьезнее. Библиотека удачно спроектирована, есть подробная документация, пользоваться весьма удобно, рекомендую.
 

mMass - Open Source для масс-спектрометрии

Автор: Administrator

mMass (http://mmass.biographics.cz/ ) - открытый многоплатформенный инструмент для анализа и просмотра масс-спектров.
   

Страница 1 из 2